Le système d'exploitation Windows fournit un emplacement de stockage appelé le Certificate Store qui abrite tous les types de certificats numériques. Key Manager Plus facilite la gestion des certificats du MS Certificate Store directement depuis son interface utilisateur. Tous les certificats sont découverts et importés dans la base de données KMP, après quoi ils peuvent être gérés à partir de l'interface du produit.
De plus, Key Manager Plus offre des options pour gérer les certificats délivrés exclusivement par Microsoft Certificate Authority. En choisissant l'autorité de certification locale en tant que type d'import, vous pouvez découvrir, importer et gérer des certificats délivrés par l’autorité de certification Microsoft. Key Manager Plus permet de gérer simplement l'ensemble du processus en condensant toutes les opérations en un seul clic.